Es esencial realizar un protocolo que explique el procedimiento para llevar a cabo un proyecto de investigación qigong. Generalmente hay 7 partes involucradas: elegir el tema de investigación, establecer la hipótesis, determinar el método de investigación, desarrollar un plan de investigación, llevar a cabo el plan y recoger los datos, ordenar y analizar los resultados, y finalmente redactar el documento o tesis.  Este proceso no se realiza por separado porque cada paso está construido en base a los pasos anteriores. Seguir el protocolo asegura la realización del proyecto de investigación como planeado para alcanzar los resultados esperados. A continuación se relacionan los puntos clave del procedimiento para la investigación qigong:
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elegir el tema de investigación

El primer paso de una investigación es elegir un tema, la selección puede basarse en una diversidad de factores. Un tema de investigación adecuado y específico tiene impacto directo en el resultado de la investigación y en su importancia, y permite a los investigadores desplegar completamente su talento.
Plantear una pregunta es incluso más difícil que responderla en la mayoría de las circunstancias. Hay muchos temas para resolver en el estudio del qigong de salud, la complejidad de su práctica y la limitación de la ciencia moderna hace imposible el responder a los numerosos problemas en poco tiempo. El valor académico es un factor de importancia a considerar a la hora de elegir el tema de estudio, así como la capacidad del equipo de investigación, las fuentes disponibles. La investigación necesita tener un punto de apoyo para el desarrollo a largo tiempo, solucionando temas prácticos.  El resultado tendrá que ser aplicable a la práctica del Qigong de Salud.
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establecer una hipótesis

La hipótesis es el cómo los investigadores dan plena actividad a su imaginación y creatividad para deducir una explicación hipotética basada en hechos científicos y teorías existentes. Una hipótesis no es una especulación sin base, sino la unidad de ciencia y suposición, un modelo teórico esperando ser estudiado, practicado y verificado. Es un paso necesario en todo descubrimiento científico, y un puente para explorar nuevos hechos para el desarrollo de nuevas teorías. Es esencial en el desarrollo del Qigong de Salud, además, aunque una hipótesis esté claramente definida no es necesaria en algunas investigaciones debido a la singularidad del qigong.
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métodos para determinar la investigación

Los métodos de investigación son herramientas que empleamos para estudiar los patrones objetivos del qigong de salud. Elegir el método de investigación propio es un procedimiento crítico en un proyecto de investigación. De hecho, es un factor importante tanto para que pueda ser completado con éxito así como para resolver el tema de investigación y alcanzar el objetivo del mismo. Determinar el método de investigación a aplicar basado en las necesidades del proyecto. Considerando igualmente los factores tales como el objeto de estudio y las fuentes disponibles. El estudio de las ciencias naturales y sociales puede ser un modelo de cómo hacer una selección. Por ejemplo, la investigación documental puede aplicarse para recoger datos o plantear una base para elegir temas de investigación. El razonamiento lógico y las estadísticas pueden aplicarse en analizar los datos de esta investigación. Y por último, las observaciones y experimentación para estudiar fenómenos inusuales.
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plan de desarrollo de la investigación

El plan de investigación es la base de un proyecto de investigación, el plan maestro, la coordinación de todos los factores implicados durante el trabajo y cómo hacerlo. Deberá incluir, tareas, temporalización, necesidades y otros detalles que deben ser procesados ordenada  y sistemáticamente. Una planificación bien desarrollada mejora la dirección del proyecto asegurando el proceso fluido del mismo y de las tareas individuales. La planificación puede ser explicada en textos escritos o en tablas o diagramas. Todas las disposiciones han de ser prácticas y tener una base objetiva. Una planificación para el qigong de salud normalmente se basa en dos puntos principales, diseño de la tesis de investigación (tema) y programación de las tareas realizadas.
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recoger los datos de investigación y puesta en marcha de la planificación

Una de las principales tareas en la investigación del qigong de Salud es la aproximación científica para recoger documentación y material empírico de la práctica del qigong. Es un requisito importante para proponer nuevas ideas y desarrollar nuevas teorías. Algunos de los métodos comunes empleados para llevar a cabo esta labor son la observación, experimentación, sondeo e investigación documental y la manera de aplicarlas está basada en el diseño de la planificación.
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ordenación y análisis de los resultados

Para poder percibir el núcleo y propiedades ocultas del tema de investigación, es necesario cribar, clasificar, organizar y resumir la información primaria recogida de los experimentos, observación,  sondeo, documentación y otros métodos. Con el  fin de que resulte un material racional. Las nuevas teorías científicas difícilmente pueden ser creadas de una abstracción científica sin una comparación cuidadosa y un análisis de la conexión  y modelo de todos los elementos involucrados. Por  lo tanto, es un procedimiento determinante para que una investigación tenga éxito o no. No se puede llegar a un resultado válido si falla este proceso.
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redactar el informe de investigación o Tesis

El resultado generado de los pasos ya citados solamente es “la materia prima” de una investigación. Es necesario elaborar posteriormente la hipótesis/tema tras lo cual procesaremos los resultados aplicando una serie de métodos científicos. La conclusión final obtenida se escribe en forma de informe de investigación o tesis. Con una estructura específica y de acuerdo con ciertos requisitos. Un informe o tesis es una recopilación por escrito del resultado de la investigación. Un registro sistemático del proyecto de investigación y un testimonio de su realización. De hecho, debe tener un tema claro y una estructura rigurosa, el contenido debería ser realista y práctico y escrito en un lenguaje fluido, cuidadoso y claro.
Estos son las claves del procedimiento para la investigación qigong.
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